PROBIOTIC EFFECT OF Lactobacillus isolates AGAINST BACTERIAL PATHOGENS IN FRESH WATER FISH

Assalamualaikum Pren...

Ujian Semester TI Telah tiba... Ata dapet soal ujian buat posting kaya kmaren lagi, kali ini sumber na di ambil dari E-Journal Undip, Jurnal na siy bahasa inggris, tapi Ata coba translate deh.. Bismillah... ni dia Jurnal na...

Pengaruh Probiotik Isolat Lactobacillus terhadap Bakteri Patogen Pada Ikan Air Tawar

Jurnal ini berisi tentang penelitian mengenai efek probiotik yang dihasilkan oleh bakteri Lactobacillus yang ada pada beberapa spesies ikan. Seperti kita ketahui bahwa keberhasilan budidaya dapat ditunjang melalui beberapa langkah manipulasi. Saat ini probiotik lebih didefinisikan sebagai kultur tunggal ataupun campuran dari mikroorrganisme hidup yang ada pada hewan yang dapat menguntungkan bagi hewan tersebut dengan meningkatkan sifat-sifat asli tumbuhan mikro. Probiotik juga memiliki kemampuan untuk menempel pada sel, menghilangkan atau mengurangi keberadaan patogen, bertahan hidup dan memperbanyak diri, memproduksi asam, dan menjadikannya nonkarsinogenik, dan nonpatogenik.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi beberapa langkah:

1.      Sampling ikan

2.      Isolasi Bakteri

3.      Uji Probiotik

4.      Persiapan Pakan Ikan

5.      Pemberian makan ikan dengan Probiotik

6.      Pengujian antibakteria dengan bakteri probiotik

Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah dari 5 sampel, total isolat Lactobacillus yang terisolasi adalah 59, dan yang maximal ditemukan pada cat fish (Clarias orientalis) sebanyak 23 isolat, yang minimal terdapat pada Gende Fish (Punitius Carnaticus) sebanyak 3 isolat, sedangkan pada Hari fish (Anguilla sp), Rohu fish (Labeo rohita) dan Jilabe fish (Oreochromis sp) sebanyak 16, 10 dan 7 isolat. Dari 59 isolat yang ada hanya dipilih 4 isolat Lactobacillus yang diambil untuk dilakukan studi lebih lanjut, yaitu RLD1, RLD2, RLD3 dan RLD4. Selanjutnya dilakukan pengujian terhadap karakteristik secara biologis, khususnya pada Aeromonas dan Vibrio sp yang ditemukan pada Cat Fish. Isolat ini bersifat kultural, morfologikal, dan biokimikal, karakteristiknya dan dapat diidentifikasi sebagai Vibrio parahaemolyticus, Aeromonas salmonicida.

Kesimpulan yang dapat diambil dari penelitian ini adalah bahwa Lactobacillus dapat membantu menangani penyakit bakteri Aeromonosis pada  cat fish (Clarias orientalis). Identifikasi spesies ini dititik beratkan pada pertumbuhan  Lactobacillus.
For Further Information about this Journal... U can download HERE

Quantifying the effect of environment stability on the transcription factor repertoire of marine microbes

Assalamuaiaikum Pren..,

Sebelum ujian semester mata kuliah TI.., Ata dapet tugas buat posting tentang "Bioinformatics in Aquaculture". Udah searching2 artikel2 ilmiah.. nah akhir na dapet juga "sasarannya".Awal nya si jurnalnya dalam bahasa inggris..., nah ini ata terjemahin ke indonesia dlu.., itung2 buat latihan translate deh..., Hmmm,,,. niy hasil Resume Ata dari sbuah jurnal yg bejudul

“Quantifying the effect of environment stability on the transcription factor repertoire of marine microbes”

Baru-baru ini sebuah studi pada strain Synechococcus laut mendeteksi perbedaan dalam konten TF genom mereka yang berkaitan dengan adaptasi lingkungan, tetapi sejauh pengaruh parameter lingkungan pada isi TF di komunitas bakteri belum diselidiki secara sistematis. 

Mikroorganisme terus-menerus beradaptasi dengan lingkungan mereka untuk bertahan hidup. Sebuah mekanisme respon efisien adalah regulasi transkripsi, langkah pertama dalam ekspresi gen, sesuai dengan tuntutan lingkungan.

Stabilitas lingkungan tampaknya memiliki efek yang jelas terdeteksi pada konten gen TF di komunitas bacterioplanktonic dijelaskan oleh metagenome GOS. Parameter lingkungan diinterpolasi ditunjukkan untuk membandingkan baik dalam pengukuran situ dan sangat penting untuk mengukur pengaruh lingkungan pada konten TF. Hal ini menunjukkan bahwa data kontekstual komprehensif dan terstruktur dengan baik akan sangat meningkatkan kemampuan kita untuk menafsirkan potensi fungsional mikroba dari data metagenomic. 

Dalam jurnal ini dilakukan penelitaian  mengenai pengaruh stabilitas lingkungan pada jumlah relatif dari TF yang berbeda (TF konten) dalam sampel dari GOS metagenome. Untuk tujuan ini, kita dibandingkan diinterpolasi parameter lingkungan terhadap di tempat pengukuran untuk memverifikasi kekuatan prediktif dari interpolasi yang digunakan, kemudian dihitung dengan mengukur stabilitas tahunan untuk setiap parameter lingkungan berdasarkan rata-rata bulanan 12, diterapkan redundansi analisis (RDA) untuk menilai efek stabilitas lingkungan dan jarak spasial (yaitu spasi) pada isi TF, selanjutnya digunakan regresi linier berganda (MLR) untuk mengidentifikasi dependensi yang mungkin terjadi antara TF tunggal, kombinasi parameter stabilitas, dan ruang.

Dalam Jurnal ini dipilih sampel GOS mana di tempat pengukuran dan bulanan interpolasi nilai untuk suhu (55 sampel) dan salinitas (44 sampel) yang tersedia. Peneliti menggunakan model regresi linier dengan menggunakan interpolasi nilai parameter bulanan untuk memprediksi nilai yang terukur di papan II Bertuah selama pengambilan sampel. Selanjutnya diinterpolasi suhu dan nilai-nilai salinitas terbukti menjadi estimator yang baik dari nilai yang terukur, dengan nilai kebaikan-of-fit (R2) sebesar 0,76 (nilai p <2.2e-16) dan 0,6 masing-masing (nilai p = 2.459e- 10)

Single-salinan gen (SCGs) adalah gen yang diasumsikan muncul hanya sekali per genom. Jumlah mereka disarankan untuk mencerminkan setara genom dalam sampel metagenomic. Oleh karena itu, mereka adalah kandidat yang baik untuk membakukan urutan hasil pencarian berbasis dalam sampel dengan ukuran yang berbeda. Mungkin kloning dan sekuensing bias dalam metagenome GOS dapat menjelaskan kelebihan dan kurangnya perwakilan dari SCGs tertentu. Hal ini juga mungkin bahwa beberapa SCGs muncul dalam lebih dari satu salinan di beberapa genom.

Temuan di TF tunggal sejalan dengan deskripsi trofik dari dataset GOS. Biasanya, copiotrophs disesuaikan untuk memanfaatkan ketersediaan nutrisi yang transien pada kelangsungan hidup penduduk mereka sangat tergantung. Mereka lebih dipengaruhi oleh eukariota laut (misalnya ganggang) dan mendominasi kolom air hanya sporadis. Berbeda dengan mikroba dengan adaptasi oligotrophic, copiotrophs masih memiliki sebagian besar sistem penyerapan energi (misalnya asam amino). Peneliti telah menunjukkan bahwa variasi dalam nutrisi memiliki efek yang signifikan pada jumlah TF yang berkaitan dengan fungsi-fungsi ini. Efek stabilitas lingkungan pada tiga TF yang dibahas di atas sangat menunjukkan bahwa TF sangat penting untuk masyarakat copiotrophic untuk beradaptasi dengan lingkungan mereka berubah.
 

 Dah... Segitu dlu aja deh.. J

Kalo pengen info lebih lanjut, baca jurnal lengakpnya... temen2 bisa buka di link ini

Semoga bermanfaat yah...

Tugas ini dibuat oleh..

Nama: Ananti Trisno A

NIM   : 26010210120019

Prodi: BDP ‘10

Review Jurnal Aplikasi Data Landsat dan SIG untuk Potensi Lahan Tambak Di Kabupaten Banyuwangi

Pada penelitian ini dianalisis mengenai aplikasi Penginderaan Jauh dan Sistem Informasi Geografis dalam mengevaluasi potensi lahan tambak yang ada di kabupaten banyuwangi. Penelitian ini dilakukan berdasarkan kenyataan data yang diperoleh bahwa di Kabupaten Banyuwangi dari 9 kecamatan  yang memiliki pantai hanya ada 6 kecamatan yang memanfaatkan lahan untuk kegiatan budidaya sehingga perlu dilakukan evaluasi dan penggalian potensi yang diharapkan mampu untuk meningkatkan potensi ekonomi masyarakat di daerah tersebut. Evaluasi ini memerlukan ketelitian dan penataan lingkungan yang benar pada daerah pantai karena memang tambak yang dibuat sangat mungkin menghasilkan limbah yang apabila tidak dikelola justru akan merugikan. Oleh karena itu digunakan Sistem Informasi Geografis dan Penginderaan Jauh untuk menganalisa agar lebih cepat dan data yang dihasilkan lebih akurat.

Evaluasi yang dilakukan meliputi koreksi radiometris, koreksi geometris, analisis visual, klasifikasi penutup lahan, dan potensi lahan untuk tambak. Dari hasil penelitian didapatkan peta analisis penutup lahan, selain itu didapatkan data bahwa pada tahun 2002 berhasil diidentifikasi seluas 1680 hectar tambak di kabupaten banyuwangi. Selain itu juga didapatkan intensitas curah hujan dan suhu rata-rata di Kabupaten Banyuwangi. Berdasarkan parameter fisik lahan yaitu pernggunaan lahan saat ini, kemiringan lahan dan jenis tanah didapatkan hasil kesesuaian lahan untuk lokasi tambak yaitu “sesuai”.

Apabila ditinjau dari manfaat jurnal bagi pembaca, jurnal ini sangat bermanfaat untuk memberikan informasi dan motifasi pembaca untuk meningkatkan pemanfaatan lahan sebagai lokasi tambak di Kabupaten Banyuwangi. Lahan yang semula digunakan untuk lokasi tambak hanya sebagian kecil, dapat ditingkatkan melalui informasi yang diperoleh dari jurnal ini sehingga dapat meningkatkan perekonomian masyarakat Kabupaten Banyuwangi yang secara lebih luas dapat meningkatkan supply produk perikanan ke wilayah-wilayah sekitar guna memenuhi kebutuhan masyarakat.

Ditelaah dari bahasa yang digunakan, jurnal ini menggunakan bahasa yang cukup mudah dipahami oleh pembaca, meskipun hanya orang awam tetap dapat sedikit mengerti tentang isi dari jurnal ini karena adapun istilah-istilah asing dan ilmiah  dijelaskan secara rinci melalui singkatan-singkatan dan sinonim.  Selain ituy data-data yang diperoleh berdasarkan jurnal ini juga disajikan dalam bentuk grafik, tabel, dan peta sehingga dapat dipahami maksudnya. Penyajian dalam bentuk ini dirasa lebih mudah dilihat dan dipahami dari pada bentuk kata-kata yang justru dapat membuat pembaca lebih mudah jenuh. Gambar peta yang disajikan juga dalam bentuk warna yang membuat pembaca tertarik untuk membaca bahkan untuk menggali dan medapatkan informasi lebih lanjut. Pengguanaan bahasa inggris yang ada pada bagian abstract juga bermanfaat untuk mempermudah pembaca yang berasal dari luar negeri sehingga dapat memahami isi jurnal secara singkat, walaupun tidak detail. Pembaca asing masih tetap dapat memperoleh gambaran singkat mengenai isi jurnal.

Jurnal ini juga dapat dijadikan sebuah referensi bagi pengusaha budidaya perikanan khususnya di Kabupaten Banyuwangi untuk dapat lebih meningkatkan usahanya melalui informasi potensi lahan tambak. Pengusaha budidaya dapat menggunakan lokasi-lokasi objek dalam jurnal ini sebagai wilayah baru untuk budidaya tambak, atau dapat juga digunakan untuk mengevaluasi kualitas kesesuaian lahan tambak untuk budidaya. Dengan kata lain jurnal ini memiliki kesesuaian bagi pembaca antara lain bagi pengusaha budidaya untuk referensi pengembangan lahan budidaya, untuk pelajar dan mahasiswa dapat digunakan sebagai referensi dalam penelitian dan sebagai pengetahuan umum untuk mengetahui potensi-potensi wilayah perairan di Indonesia.

http://www.perpustakaan.lapan.go.id/jurnal/index.php/jurnal_inderaja/article/viewFile/478/409

Bioinformatics in Aquaculture

Aslmlkm...,

Sobat blogger.., Ananthee punya Inform niyy tentang bioinformatika di bidang aquaculture..,
ni sdikit ringkasan nya aja...

Bioinformatika ini merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA. Bioinformatika dapat diterapkan dalam bidang aquaculture, antara lain:

A. Teknologi ekspresi protein

produk contoh: hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur. 

B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

 digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit. 

C. Vaksin DNA

melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. 

D. Chip DNA

menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip

E. Proteomics

Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein

F. Teknologi Transgenik 

untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen dll.

Nah.. untuk mengetahui lebih lanjut tentang bioinformatika dalam aquaculture, sobat dapat mengakses di link-link ini...

http://ianspace.wordpress.com/2011/05/01/bioinformatika/

http://akuakultur.wordpress.com/2006/12/12/bioteknologi-dalam-akuakultur/

http://teknologihasilperikanan-unsri.blogspot.com/2010/04/bioinformatika.html

okeyy... selamat membaca deh..
smoga bermanfaat dan dapat memperluas pengetahuan kita.
jangan lupa di "like" ya....
tenqyuwe..

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari National Library of Medicine (NLM) Amerika Serikat , sebuah cabang dari National Institutes of Health. NCBI terletak di Bethesda, Maryland (38.994994 ° N 77.099339 ° WCoordinates: 38.994994 ° N 77.099339 ° B) dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. NCBI rumah sekuensing genom data dalam GenBank dan indeks artikel penelitian biomedis di PubMed Central dan PubMed, serta informasi lain yang relevan dengan bioteknologi. Semua database yang tersedia secara online melalui mesin pencari Entrez.

NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).

Sejarah NCBI

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah multi-disiplin kelompok penelitian yang berfungsi sebagai sumber daya untuk informasi biologi molekuler. Ini dibentuk pada tahun 1988 sebagai pelengkap kegiatan dari Institut Kesehatan Nasional (NIH) dan National Library of Medicine (NLM). Fasilitas terletak di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat. Awalnya, penciptaan NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut: untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi. Dalam waktu, dan melalui penggunaan luas dari Internet, NCBI menjadi semakin sadar akan peran penelitian biologi murni. Biologi molekular menjadi sebagai tokoh sebagai penelitian biomedis. Hal ini terbukti sebagai database khusus berbagai sedang diciptakan oleh NCBI, untuk melengkapi mereka yang berurusan langsung dengan kesehatan manusia. NCBI mulai menawarkan jasa serta:
1. mengembangkan metode baru untuk menangani volume dan kompleksitas data meneliti ke metode yang dapat menganalisis struktur dan fungsi makromolekul.
2. menciptakan sistem komputerisasi untuk menyimpan dan menganalisis data tentang biologi molekuler.
3. menyediakan akses ke analisis dan alat komputasi (yang memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak) untuk peneliti dan publik.
Dalam proses pengembangan database, NCBI membentuk standar database seperti nomenklatur database yang juga digunakan oleh non-database NCBI. Satu NCBI database GenBank, urutan database yang asam nukleat yang berisi informasi urutan dari lebih dari 200 000 organisme yang berbeda. GenBank mungkin adalah database yang paling populer digunakan, dan benar-benar mendahului NCBI. Bagi banyak orang, nama adalah identik dengan NCBI.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Penelitian Dasar

NCBI memiliki kelompok multi-disiplin penelitian terdiri dari ilmuwan komputer, ahli biologi molekular, matematikawan, ahli biokimia, dokter penelitian, dan ahli biologi struktural berkonsentrasi pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi molekular komputasi. Ini peneliti tidak hanya membuat kontribusi penting untuk ilmu pengetahuan dasar, tetapi juga mengembangkan metode baru untuk kegiatan penelitian terapan. Bersama-sama mereka sedang mempelajari masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematika dan komputasi. Sebuah contoh kepentingan penelitian meliputi: deteksi gen dan analisis organisasi gen, pola urutan berulang, domain protein dan elemen struktural; penciptaan peta gen dari genom manusia, pemodelan matematika kinetika infeksi HIV, analisis efek sekuensing kesalahan untuk mencari database; pengembangan algoritma baru untuk mencari database dan beberapa sequence aligment, konstruksi non-berlebihan urutan database, model matematika untuk estimasi signifikansi statistik kesamaan urutan, dan model vektor untuk pencarian teks. Selain itu, peneliti NCBI memelihara kolaborasi berkelanjutan dengan beberapa lembaga dalam NIH dan juga dengan berbagai laboratorium penelitian akademis dan pemerintah.

Database dan Software

NCBI mempertahankan GenBank ®, database NIH urutan genetik. NCBI staf dengan pelatihan lanjutan dalam biologi molekuler membangun database dari urutan disampaikan oleh para peneliti, laboratorium individu dan dengan pertukaran data antara anggota lain dari Kolaborasi Urutan Nukleotida Internasional database termasuk Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan Database DNA Jepang (DDBJ ). Pengaturan dengan US Patent dan Trademark Office memungkinkan penggabungan data sekuens paten.
Selain GenBank, NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah. Sumber daya berkisar dari database molekul dan literatur untuk alat kesamaan urutan ke informasi struktur dan data genom. Entrez adalah pencarian NCBI dan sistem pencarian yang memberikan pengguna dengan akses terpadu untuk urutan, pemetaan, taksonomi, ekspresi, dan data struktural. Entrez juga menyediakan pemandangan grafis dari urutan dan peta kromosom. Dua fitur canggih dan unik dari Entrez adalah kemampuan untuk mengambil urutan terkait, struktur, dan referensi dari pra-dihitung pencarian kesamaan, dan menyediakan akses terintegrasi di berbagai database. Fitur permintaan Entrez global yang menyediakan kemampuan mencari subset dari database Entrez pada satu waktu. Database Entrez Gene adalah sumber daya yang berbasis gen memasok koneksi untuk berbagai data.

Database literatur Entrez menyediakan pengguna dengan sejumlah besar informasi di ujung jari mereka. Literatur jurnal tersedia melalui PubMed ®, pencarian web antarmuka yang menyediakan akses ke 12 juta kutipan dalam MEDLINE ® jurnal dan berisi link ke teks lengkap artikel di situs Web penayang yang berpartisipasi '. PubMed Central, sebuah arsip digital full-teks literatur ilmu kehidupan jurnal, menyediakan akses ke lebih dari 200.000 teks lengkap artikel jurnal dari lebih dari 140 jurnal. Warisan online Mendel di Man (OMIM) adalah sebuah katalog gen manusia dan kelainan genetik dan database Buku berisi lebih dari 30 buku elektronik.
BLAST, sebuah program untuk mencari kesamaan urutan dikembangkan di NCBI, yang berperan dalam mengidentifikasi gen dan fitur genetik. BLAST dapat mengeksekusi pencarian urutan terhadap database DNA dari lebih dari 2 juta urutan dalam waktu kurang dari 15 detik. Berbagai program BLAST ada untuk berbagai jenis pencarian serta pilihan khusus untuk mencari database protein dan genom organisme.
NCBI lain sumber daya termasuk Viewer Peta terintegrasi yang menyediakan menampilkan peta genom organisme berbagai, penampil struktur Cn3D, dan genom-spesifik sumber daya termasuk manusia. Perangkat lunak tambahan termasuk: Membaca Buka Bingkai Finder (ORF Finder), Elektronik PCR, dan alat-alat urutan penyerahan, payet dan BankIt. Semua database NCBI dan alat-alat perangkat lunak yang tersedia dari Web atau melalui FTP.

Pendidikan dan Pelatihan

NCBI mendorong komunikasi ilmiah di bidang komputer, seperti yang diterapkan untuk biologi molekuler dan genetika, oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah. NCBI juga staf pameran stan di berbagai konferensi ilmiah dan pertemuan. Kesempatan belajar yang tersedia melalui program dan on-line tutorial yang berfokus pada layanan NCBI. Posisi postdoctoral fellow tersedia sebagai bagian dari Program Penelitian Intramural NIH

NCBI Cabang Biologi Komputasional

Penelitian di Cabang Biologi Komputasional NCBI (CBB) berfokus pada pendekatan komputasi teoritis, analitis, dan diterapkan untuk berbagai masalah fundamental dalam biologi molekuler dan kedokteran.
Ikhtisar Penelitian. Program penelitian di Cabang Biologi Komputasi dilakukan oleh Penyidik ​​Senior, Penyidik ​​penguasaan lagu, Penyidik ​​Associate, Ilmuwan Staf, Fellows Postdoctoral, dan mahasiswa. Program ini berfokus pada teori, pendekatan analitis dan diterapkan untuk berbagai masalah fundamental dalam biologi molekular. Keahlian kelompok terkonsentrasi dalam analisis urutan, struktur protein / fungsi analisis, informatika kimia, dan analisis genom. Kepentingan penelitian lebih lanjut mencakup berbagai topik dalam biologi komputasi dan ilmu informasi. Ini termasuk, tetapi tidak terbatas pada, algoritma pencarian database, urutan identifikasi sinyal, model matematika dari evolusi, metode statistik dalam virologi, perilaku dinamis dari sistem reaksi kimia, statistik pencarian teks algoritma, struktur protein dan fungsi prediksi, genomik komparatif, taksonomi pohon, genetika populasi, dan biologi sistem.
Banyak proyek penelitian dasar yang dilakukan oleh peneliti CBB melayani untuk meningkatkan dan memperkuat Suite NCBI database tersedia untuk umum dan perangkat lunak aplikasi. Upaya penelitian kolaboratif antara peneliti NCBI serta dengan komunitas riset eksternal, telah menyebabkan pengembangan algoritma yang inovatif (BLAST, PSI-BLAST, VAST, dan roda), pendekatan penelitian novel (teks tetangga) dan sumber daya dasar (PubChem dan CDD) yang telah mengubah bidang biologi komputasi. Algoritma dan aplikasi saat ini sedang dikembangkan memiliki potensi untuk lebih memajukan penemuan ilmiah.

Anggota CBB berkontribusi signifikan terhadap validitas dan keandalan sumber daya online NCBI dengan meninjau kualitas dan akurasi data disimpan dalam database, serta keakuratan informasi yang digunakan untuk membubuhi keterangan data. Anggota juga menyediakan kepemimpinan dan bimbingan kepada masyarakat luar sekolah dengan perencanaan dan pengorganisasian konsorsium ilmiah untuk menentukan penggunaan sumber daya yang paling efektif urutan publik untuk biologi eksperimental skala besar atau tinggi-throughput. Para peneliti berkolaborasi untuk mendefinisikan area baru penelitian dan mengidentifikasi mekanisme komputasi yang tepat untuk mengatasinya.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI data analisis perangkat lunak alat

Tujuan utama dari bioinformatika adalah untuk memungkinkan peneliti untuk membuat koneksi baru antara data. Perangkat lunak analitik memungkinkan untuk melakukan eksperimen ilmiah, penolakan hipotesis, dan menarik kesimpulan tentang biologi molekuler. Meskipun bukan pengganti meja kerja, bioinformatika bertindak sebagai pelengkap untuk laboratorium-data yang dihasilkan. Banyak alat analisis data ada di NCBI, UBiC dan tempat-tempat lain di web. Karena jumlah sangat besar teknik yang tersedia untuk menganalisis data, dan perangkat lunak analitik relatif baru, kondisi untuk penggunaan setiap alat ini mungkin membingungkan. Kesalahan karena ketidakbiasaan dengan alat-alat masih cukup umum. Alat-alat lain telah mendapatkan digunakan secara luas hanya dengan menjadi mudah digunakan. Salah satu alat tersebut adalah Alignment Dasar Alat Pencarian Linear (BLAST), yang paling umum digunakan untuk menganalisis sekuens asam nukleat dari GenBank.

BLAST adalah alat perangkat lunak yang sejalan dua sekuens dalam rangka untuk memutuskan apakah ada kemiripan urutan antara dua sekuens. Urutan dapat menjadi dua sekuens nukleotida atau dua urutan protein. Dari kesamaan urutan, homologi dapat disimpulkan, meskipun ada perbedaan jelas antara keduanya. Homologi menunjukkan bahwa urutan dipelajari berasal dari urutan leluhur umum. Homologi antara urutan ini juga menunjukkan (tetapi tidak cukup untuk membuktikan) fungsi serupa di tingkat molekuler. Kesalahpahaman tentang makna istilah dapat diilustrasikan oleh pernyataan seperti, "dua urutan yang 66% homolog" dan "homologi ada untuk gelar ini". Homologi tidak didasarkan pada persentase atau gelar; keberadaannya adalah ekstrim. Homologi baik ada antara urutan atau tidak. Jadi bagaimana kesimpulan dukungan BLAST homologi? BLAST adalah didasarkan pada gagasan persen-kesamaan antara urutan, model statistik dari distribusi mendapatkan urutan nukleotida yang diberikan oleh kebetulan. Jika dua urutan nukleotida menunjukkan kesamaan gelar yang mereka bisa, sesuai dengan model statistik, digunakan oleh seorang peneliti untuk menyimpulkan urutan homolog. Model statistik yang berbeda ada untuk urutan protein. NCBI menawarkan berbagai BLAST berbasis alat untuk menganalisis berbagai jenis data. Selain menggunakan BLAST untuk mendukung sebuah kesimpulan tentang homologi antara dua urutan, adalah mungkin untuk BLAST urutan query terhadap genom manusia atau genom mouse untuk mencari sekuens homolog.

Lain NCBI alat analisis data meliputi Elektronik-PCR, yang menempatkan urutan-Tagged Situs, dan BLAST-Link (Blink), yang menunjukkan keberpihakan BLAST protein untuk setiap urutan protein yang ditemukan dalam Entrez. Banyak alat lebih dapat diakses melalui website NCBI. Beberapa alat analisis data juga database. Sebuah daftar lengkap non-alat meliputi: OrfFinder (untuk membuka-membaca frame), RefSeq, UniGene, SNP Database (untuk single-nukleotida polimorfisme), Human Genome Sequencing, MapViewer Manusia (untuk melihat draft dari proyek genom manusia), Ekspresi gen Omnibus, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) (katalog penyakit genetik manusia), Database Modeling Molekuler (MMDB) yang merupakan database protein 3D struktur, dan Database Domain dilestarikan (CDD).

http://www.scq.ubc.ca/national-center-for-biotechnology-information-an-overview/