Quantifying the effect of environment stability on the transcription factor repertoire of marine microbes

Assalamuaiaikum Pren..,

Sebelum ujian semester mata kuliah TI.., Ata dapet tugas buat posting tentang "Bioinformatics in Aquaculture". Udah searching2 artikel2 ilmiah.. nah akhir na dapet juga "sasarannya".Awal nya si jurnalnya dalam bahasa inggris..., nah ini ata terjemahin ke indonesia dlu.., itung2 buat latihan translate deh..., Hmmm,,,. niy hasil Resume Ata dari sbuah jurnal yg bejudul

“Quantifying the effect of environment stability on the transcription factor repertoire of marine microbes”

Baru-baru ini sebuah studi pada strain Synechococcus laut mendeteksi perbedaan dalam konten TF genom mereka yang berkaitan dengan adaptasi lingkungan, tetapi sejauh pengaruh parameter lingkungan pada isi TF di komunitas bakteri belum diselidiki secara sistematis. 

Mikroorganisme terus-menerus beradaptasi dengan lingkungan mereka untuk bertahan hidup. Sebuah mekanisme respon efisien adalah regulasi transkripsi, langkah pertama dalam ekspresi gen, sesuai dengan tuntutan lingkungan.

Stabilitas lingkungan tampaknya memiliki efek yang jelas terdeteksi pada konten gen TF di komunitas bacterioplanktonic dijelaskan oleh metagenome GOS. Parameter lingkungan diinterpolasi ditunjukkan untuk membandingkan baik dalam pengukuran situ dan sangat penting untuk mengukur pengaruh lingkungan pada konten TF. Hal ini menunjukkan bahwa data kontekstual komprehensif dan terstruktur dengan baik akan sangat meningkatkan kemampuan kita untuk menafsirkan potensi fungsional mikroba dari data metagenomic. 

Dalam jurnal ini dilakukan penelitaian  mengenai pengaruh stabilitas lingkungan pada jumlah relatif dari TF yang berbeda (TF konten) dalam sampel dari GOS metagenome. Untuk tujuan ini, kita dibandingkan diinterpolasi parameter lingkungan terhadap di tempat pengukuran untuk memverifikasi kekuatan prediktif dari interpolasi yang digunakan, kemudian dihitung dengan mengukur stabilitas tahunan untuk setiap parameter lingkungan berdasarkan rata-rata bulanan 12, diterapkan redundansi analisis (RDA) untuk menilai efek stabilitas lingkungan dan jarak spasial (yaitu spasi) pada isi TF, selanjutnya digunakan regresi linier berganda (MLR) untuk mengidentifikasi dependensi yang mungkin terjadi antara TF tunggal, kombinasi parameter stabilitas, dan ruang.

Dalam Jurnal ini dipilih sampel GOS mana di tempat pengukuran dan bulanan interpolasi nilai untuk suhu (55 sampel) dan salinitas (44 sampel) yang tersedia. Peneliti menggunakan model regresi linier dengan menggunakan interpolasi nilai parameter bulanan untuk memprediksi nilai yang terukur di papan II Bertuah selama pengambilan sampel. Selanjutnya diinterpolasi suhu dan nilai-nilai salinitas terbukti menjadi estimator yang baik dari nilai yang terukur, dengan nilai kebaikan-of-fit (R2) sebesar 0,76 (nilai p <2.2e-16) dan 0,6 masing-masing (nilai p = 2.459e- 10)

Single-salinan gen (SCGs) adalah gen yang diasumsikan muncul hanya sekali per genom. Jumlah mereka disarankan untuk mencerminkan setara genom dalam sampel metagenomic. Oleh karena itu, mereka adalah kandidat yang baik untuk membakukan urutan hasil pencarian berbasis dalam sampel dengan ukuran yang berbeda. Mungkin kloning dan sekuensing bias dalam metagenome GOS dapat menjelaskan kelebihan dan kurangnya perwakilan dari SCGs tertentu. Hal ini juga mungkin bahwa beberapa SCGs muncul dalam lebih dari satu salinan di beberapa genom.

Temuan di TF tunggal sejalan dengan deskripsi trofik dari dataset GOS. Biasanya, copiotrophs disesuaikan untuk memanfaatkan ketersediaan nutrisi yang transien pada kelangsungan hidup penduduk mereka sangat tergantung. Mereka lebih dipengaruhi oleh eukariota laut (misalnya ganggang) dan mendominasi kolom air hanya sporadis. Berbeda dengan mikroba dengan adaptasi oligotrophic, copiotrophs masih memiliki sebagian besar sistem penyerapan energi (misalnya asam amino). Peneliti telah menunjukkan bahwa variasi dalam nutrisi memiliki efek yang signifikan pada jumlah TF yang berkaitan dengan fungsi-fungsi ini. Efek stabilitas lingkungan pada tiga TF yang dibahas di atas sangat menunjukkan bahwa TF sangat penting untuk masyarakat copiotrophic untuk beradaptasi dengan lingkungan mereka berubah.
 

 Dah... Segitu dlu aja deh.. J

Kalo pengen info lebih lanjut, baca jurnal lengakpnya... temen2 bisa buka di link ini

Semoga bermanfaat yah...

Tugas ini dibuat oleh..

Nama: Ananti Trisno A

NIM   : 26010210120019

Prodi: BDP ‘10